Ich glaube das Problem ist ein anderes und dass kannst du gerne mal ausprobieren.
Transfer kann nur eine bestimmte Menge an Rohstoffe speichern. Du kannst vom Schiff aus nur diese Menge auf dein Schiff transportieren. Ich glaube 400 oder 500 Einheiten. Damit wäre Z dann leer.
Eigentlich müssten Instant die Rohstoffe aus D nachrutschen und das passiert nicht Automatisch
Versuch mal folgendes:
1.Geh in deinem Schiff an die Konsole und greif auf deine Base zu.
2.Mach den Transfer leer.
3.Geh aus der Konsole raus.
4.Geh wieder in deine Konsole rein.
Ich glaube jetzt sind wieder Rohstoffe in deinem Transfer.
Das Problem ist glaube ich, dass der Transfer nach der Entnahme der Rohstoffe nicht geupdatet wird und die Rohstoffe nicht nachrutschen.
Kannst du gerne mal testen, würde mich interessieren ob ich Recht habe 
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Vielen Dank für Deine wieder sehr ausführliche Erläuterung 
Ich hab jetzt 2 Videos zu dem Problem angehängt und da sieht man IMO recht deutlich, dass ich mit meiner Vermutung, meine Spielstände wären wohl durch das Cheaten verbuggt, richtig liege. Transferprobleme
In Video 1 greife ich von meiner Raumschiffkonsole auf den Außenposten zu. Zuerst muss ich den Frachtraum vom Schiff in mein Inventar übertragen, damit ich dort überhaupt etwas einlagern kann
Dann transferiere ich die Resourcen vom Transfer ins Schiff mit der "E"-Taste, denn wenn ich mit der "T"-Taste alle Resourcen nehmen würde, würde wohl alles in meinem Inventar landen
Die Option "Alles im Schiff lagern" gibt es leider nicht. Transfer ist nun leer, auch etwas vor der offenen Konsole warten bringt nichts.
Du hast also richtig vermutet, mann muss die Konsole verlassen und wieder öffnen und sie hat sich zumindest teilweise, in meinem Fall mit 47 Molekülsieben a 3x Masse = 141 Masse gefüllt. Maximal kann der Transfer 300 Masse aufnehmen. Nun verlasse ich wieder die Konsole und ab 2:30 im Video sieht man dann, dass sich der Transfer weiter befüllt hat, aber immer noch nicht vollständig. Insgesamt muss man wohl an die 3 Min. warten, bis er wieder komplett gefüllt ist.
Meine eigentlich Frage scheint aber beantwortet. Der Transfer funktioniert wohl tatsächlich nur in einer Richtung, nämlich um Resourcen IN das eigene Schiff zu bringen und leider nicht umgekehrt. Hier muss man "zu Fuß" unterwegs sein, aber auch das funktioniert zumindest bei mir nicht korrekt.
Im Video 2 ist der erste Container A, den befülle ich aus meinem Inventar mit Resourcen:
8x Aluminium
1x Beryllium
31x Eisen
1x Stiel: Kosmetikum
Nun renne ich die Container B und C der Reihe nach an und jetzt sollten die Resourcen ja eigentlich zu Container C durchgereicht werden. Aber da passiert nix wie bei 1:17 im Video zu sehen ist. Gehe ich nun in mein Inventar so wird mir dort nichts angezeigt, aber an Masse hab ich immer noch 897/245. Verlasse ich nun das Container-Menü und schaue mir mein Inventar direkt an, wird alles korrekt aufgelistet... (1:39 im Video)
Lasse ich mir nun den Containerinhalt A anzeigen, so ist dieser jetzt leer und schalte ich auf mein Inventar um, wird wieder nichts angezeigt außer der Masse. Gehe ich Container B und C ab, so sind auch diese leer.
Während ich das hier geschrieben habe, ist mir aber auch die einzig logische Erklärung dazu eingefallen: Die Resourcen aus Container A befinden sich wieder im Transfer
Ich habe nun mal den Ausgabelink zwischen Container A und Transfer gelöscht und welch Wunder: Container A zeigt nun meine Resourcen wieder an. Leider hab ich davon kein Video gemacht.
Ergo summ:
Will man Resourcen aus einem Schiff in einer Basis lagern geht das nur folgendermaßen:
Man baut genügend Container, die die Masse des Schiffes aufnehmen können und muss dabei noch zwischen den Containerarten Feststoffbehälter (hergestellte Resourcen) und Lagerhaus (Mineralien, organische Stoffe, sonstiges) unterscheiden. Wenn das Schiff nah genug am Containerhafen parkt, so kann man sich nun alles zuerst in das eigene Inventar laden und dann von dort aus in die entsprechenden Container packen.
Hier greift aber nun wieder mein Problem wegen der wohl verbuggten Speicherstände: die Resourcen werden bei mir nicht von Container A zu Container C übertragen. Container A bleibt bei 100%...
Ich mache nun bei einem alten ungecheateten Spielstand weiter und werde weiter berichten. Das kann allerdings dauern, da ich dort erst auf Level 16 bin, also praktisch noch ganz am Anfang 